单侧巧克力囊肿多数能自然怀孕，但怀孕前需进行相关检查和准备。1. 单纯巧克力囊肿，若另一侧卵巢功能正常且排卵正常，可自然怀孕。需观察经期变化，定期检测排卵情况。确定健侧卵巢排卵后，尽快安排性生活备孕，以提高自然怀孕几率。2. 巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，若病情发展导致痛经和卵巢功能受损，可手术切除囊肿，术后休息后重新备孕。3. 对于单侧巧克力囊肿女性，可先试孕。若怀孕，停经后卵巢停止排卵，囊肿可逐渐缩小，病情改善。